戦国時代が終わってから大名等武家は、領内支配によって独自産業育成して新たな収入を得る自由があるとしても、国法としての貿易禁止に背けないのと同様、幕府の決めた分野については勝手な官位授与等をしてはならないという「禁中並びに公家諸法度」を決めた以上は、幕府を通さないで（献金に報いて？）勝手に官位授与等をしてはならなくなったのですが、高僧への紫衣の許可制は武家に対する官位授与とは系列を異にするものでした。
その経緯もあり、それまでの習慣による（臨時収入の欲しさ？に）紫衣着用を許可した事件ですが、これは「幕府法が朝廷決定に優先する」という権力構造の問題だけではなく、価値観の変化（金で地位を買うのが許せないという武家の倫理観）を朝廷が無視した点に大きな問題があったということでしょう。
武士社会の立身出世・取り立てと降格の基準は、忠節・勲功の実績次第でした。
信賞必罰＝いわば適材適所が基本社会・・能力のない者に義理人情等で軍勢を指揮する地位を与えると負けてしまう・一族滅亡のリスクを抱えギリギリの攻防を繰り返して戦国時代を生き抜いてきました。
武家の倫理観は、秀吉が草莽の身からお天下様になっていった例を見ても分かるように、賄賂や家柄によらず能力がすべての基準になるものでした。
戦国武将にとっては、昇進や格下げ処理基準に個人事情や献金等の情実が入り込むのは一族の滅亡を招きかねないリスキーな行為ですから、最も忌み嫌うべき道徳として、確固たる共通意識になっていたでしょう。
とは言え、実際には接待上手や献上品の豪華さなども重要でしたので、要は比重の置き方の問題です。
官位をありがたがる世間一般よりは、長期にわたって名誉職でしかなくなっている官位など能力の有無に関わりがない・・という朝廷の方が逆に、醒めた意識になっていたでしょう。
長期にわたって安定収入源のなくなっていた朝廷にとっては、献金によって、あるいは内裏等の造営をしてくれることによる貢献度の高さに従って官位を敍し、あるいは高僧認定（今で言えばノーベル賞受賞・・国内的には学術会議員や人間国宝〜特定技能認定？）するのは当然の論理だったのでしょう。
私が関係していた学生時代（今は知りませんが・・）の経験では、家元制度のあるお花やお茶お琴等を習っている場合では、一定段階に進み師範等の認定を受けるには（一定レベルであることが前提であっても）認定料？を払うのが普通でした。
家元制度は民間版ですが、公的機関では許されないというのが徳川政権の示した規範だったのでしょう。
今ではノーベル賞や博士号、一級技術者資格などが、献金額やコネで決まるとすれば、国民全部が承知しないでしょう。
このような現代価値観に反したという名目で韓国のパク前大統領がリコールされたばかりでしたが、このパフォーマンスは前近代的怨念政治にこだわっている韓国が前近代どころか日本で言えば、前中世的価値観を国民が許容できなくなった程度に進化していたことの国際表明だったことがわかります。
ただしパク政権打倒のローソクデモは、親北朝鮮勢力・左翼系による政変企図による煽り成功の意見もあり・・煽り/メデイア操作による扇動に簡単に乗せられる国民レベルの脆弱さ・・が背景にあるので、純粋民度アップの証左とは断定できませんが・・・。
文政権成立後慰安婦合意に対する事実上の空洞化運動やに追い打ちをかける徴用工訴訟の挑発にとどまらず、自衛隊機に対するレーダー照射事件等国内法だから何をやっても韓国政府の勝手だという韓国の態度を見ると、人間としてのレベルがどうなってるの？と首をかしげる日本人が多くなってきました。
まだまだ普通の会話が成り立つレベルではないのではないか？という疑問・・普通の付き合いをするのは無理でないか？と思う日本人が増えてきた印象です。

武力のない中央の荘園領主の派遣者が現地に居着いたからといって、どうなるものではない・武士から見れば無駄飯食いが来た程度なのですぐにこの種の領主は消えてしまったようです。
幕府任命の守護は元々有力武士でしたが、足利氏の例で書いたように当時は飛び地領地といってもその領内は一円支配関係）経営でしたから、各領地で隣接領主との戦闘が常態化すると、飛び地領が多いと応援効率が悪くなり、「遠い親戚より近くの他人」の緊急応援が重要になります。
ただし、もともと荘園はあちこちの開墾地ごとの墾田永世私有許可制によって、開墾地ごとの私有が認められことから始まっている関係で、〇〇の郡・地域一帯ではなく中央貴族が飛び地で持っているに過ぎなかったものが、周辺開墾地を増やすなどして一定地域に広がってきた・地域支配に広がってきたものです。
もともと規模の小さなものが成長して今でいう市町村単位や郡単位規模になってもああちこちに点在しているのが原則でした。
現在農地法改正によって農地の法人所有が認められるようになっていますが、これが仮に世界規模の大企業が経営するように成長したとしても、全国合計すれば日本全国の２割を占有しているといっても一箇所に統合しているものではないので、各地の警察権やガス水道各種インフラ・・全部国家頼みで点は変わりません。
荘園領主の始まりは、現在の法人農地所有の先祖と言えばわかり良いでしょう。
人力会は地時代ですから、数〜十町歩開墾でも大事業だったでしょうから、その程度の飛び地から始まったことは間違いないでしょう。
解説では荘園領主が一円支配を目指して不輸不入の権が次第に拡大していくという欲得だけの解説が多いのですが、前提として個別の田んぼ私有から、一定規模の面支配に広がっていったことが先行していたはずです。
このように飛び地支配を原則としながら、飛び地ごとの範囲をじわジワと広げていく・・倦まず弛まずの成果が先にあったのでしょうが、応仁の乱までは山名、細川など中央の有力御家人の所領はまだ飛び地（の規模が次第に大きくなっていたものの）経営の系譜を引いていたのです。
飛び地規模を大きくしたいのが平安時代初期からの各地飛び地経営者・・現地を預かるものの願望ですから、領域拡大争いが熾烈になると現地武装勢力が重きをなし武士の発達になっていくのですから、武士の勢力が大きくなればなるほど在地勢力に関心の強い領域争いが大きくなるのは自然の流れです。
突発的小競り合いでは中央の応援など待ってられないので、地元荘園規模の大きい方が大きな勢力を持てるので、いよいよ自衛（力充実）に走るようになります。
現在喧しい集団自衛権問題同様に、遠い親戚より近くの領主と縁戚関係やお互い助け合い関係を密にしておく方が合理的、地元人間関係が重要になっていきます
中央派遣→地元密着力で守護代に劣る結果、地元武門トップ守護代に地位を追われていく時代の流れとなります。
戦国末期の長尾為景や織田信秀のころには、武門の棟梁や藤原氏の氏長者等の仲介を経ないどころか、守護や守護代すらを飛び越して一足飛びの朝廷への直接献金が常套化していたことに驚きます。
織豊政権成立の頃に生き残った戦国大名で、家柄だけで生き残った大名はいないと言っても過言ではないでしょう。
武田家や島津家などは守護大名から戦国大名に転換できた希少な例でしたが、もともと土着源氏であった者が、その地元で守護に任命されていたから地元武士団化に成功したように見えるのであって、中央任命の守護大名が家柄だけで生き残ったのではありません・・。
生死をかけた合戦の続く時代に、元々武力のない公卿が地元に居着いたくらいでは（日々の食費に困らなくなった程度しかなく）どうなるものでもなかったでしょう。
朝廷＋征夷大将軍による正義・秩序の強制力や徴税能力喪失・・この段階で支配者と言えない状態になっていたでしょう。
まして周辺で何とか朝廷権威を守ってきた藩屏たる貴族や寺社の荘園取り分ゼロ（時折世代交代時に官職の斡旋をしたり、（今で言えば旧領から盆暮れのツケ届けが届く程度）で色紙（文化）を売る程度しか収入源がなくなってしまったようです。
これでは現在の作家や絵描き、音楽家・・各種芸人とどう違うか？となります。
荘園領主系で上からおしかけるのではなく文化力のあるものは、新興武士層の奥方系の需要に応じて（市場価値があるので）「ドサ周り」可能ですので地方に文化進出していきます。

足利幕府はとりなし的利害調整ばかりしているうちに、応仁の乱〜戦国時代に拡大していくのですが、応仁の乱以降・細川や山名氏のように何カ国もの守護を兼ねる時代が終わります。
各地に土着した守護大名が地元武士団との結合を強め、細川や山名のような大規模領主から独立し守護大名となってきたからです。
ところが、その守護大名家ももっと地元密着の守護代（そのまた家老）等にその地位を奪われる下克上が進んできたのがいわゆる戦国時代です。
下克上の代表的人物・長尾為景（上杉謙信の実父）については、ウイキペデイアの一部引用します。

越後守護代であった長尾能景の子として生まれる。
・・・永正4年（1507年）春頃「為景謀反の気あり」と守護・上杉房能が為景討伐の準備をしていたため、8月にその機先を制して房能の居館を襲撃する[8]。逃亡中に房能が自刃すると、その養子・上杉定実を傀儡として守護に擁立した。この新守護擁立に反対する阿賀北地方の本庄時長・色部昌長・竹俣清綱は9月に為景に対して一斉に蜂起する・・（これらを撃退した・・稲垣注）8月に為景は銭貨80貫文を室町幕府に献上し、11月6日、幕府から上杉定実の越後守護就任が正式に認められ、為景も定実を助け補うことを命じられた[10]。

上記の通り主家を攻撃して自分の傀儡を擁立・反対派を撃退して将軍家から正式承認されるところまで行きます。
織田信長の父織田信秀の場合は、長尾家のように守護代ですらない・・さらに下層の地元豪族です。
ウイキペデイアによれば概要以下の通りです。

永正8年（1511年）、尾張国南西部海東郡・中島郡に跨る勝幡城（愛知県愛西市・稲沢市）を支配する勝幡城主で、清洲三奉行の一人の織田信定の長男として生まれる。
信定は尾張の守護代織田氏の一族で、尾張下四郡を支配する守護代「織田大和守家」（清洲織田氏）に仕える庶流として、主家の重臣の清洲三奉行の一家で弾正忠を称した家を継いでいた。
信秀は父・信定の生前である大永6年4月（1526年）から7年（1527年）6月の間に家督を譲られて当主となる
・・・経済的に伸長し勢力を増し、上洛して朝廷にも献金し、従五位下に叙位され、備後守に任官された。さらには室町幕府にも参じて、第13代将軍・足利義輝にも拝謁した。天文9年（1540年）から翌年にかけ、伊勢神宮遷宮のため、材木や銭七百貫文を献上した[9]。これで、天文10年9月、その礼として朝廷より、三河守に任じられたというが、周囲への使用例はない[9]。さらに天文12年（1543年）には、朝廷に内裏修理料として4000貫文を献上し、朝廷重視の姿勢を示す
・・・・信秀はその頂点で、主家の大和守家への臣従関係は保ちつつ、地位や権威は主家やその主君である尾張守護斯波氏をも上回り、弟の織田信康や織田信光ら一門・家臣を尾張の要所に配置し、尾張国内の他勢力を圧倒する戦国大名の地位を築いていった。
しかし信秀は終末まで守護代奉行であり、実質上は尾張を代表する戦国大名として斎藤、松平、今川ら他国大名と戦い続けたものの、形式的主君であった守護代家、守護家は維持したままで、尾張国内の大和守家や他の三奉行や犬山の織田信清など何度も敵対し争ったり、反乱されたりしているのに、最後まで徹底して粛清したり叩こうとせず、それらを抱えたまま国外の敵と戦うという限界があり、旧来の権威や秩序を重んじる古さがあったと指摘され、それらの併呑や排除は信長の代を待つことになる[7]。

守護代織田大和守家一族の庶流（家臣団に降った・奉行の一員）でしかない家柄にうまれたのが信秀の親・信定です。
これが信定〜信秀と代を重ねる都度勢力を拡大し、事実上尾張国の守護や守護代を凌ぐ地位にのし上がって次の信長の世代になります。
応仁の乱→戦国時代に突入すると、中央（幕府）の裁決能力消滅→在地預かり（事実上有名無実化しなくなっていたでしょう）が荘園領主への貢納をしなくなってもどうにもならない状態になりました。
荘園収入の分配率争いどころではなくなっていたのです。
戦時中地方のツテを頼って多くの人が東京から疎開したように、応仁の乱以降混乱が続く中で京都にいたのでは危険だし（戦のたびに逃げ惑うしかない）仕送りが途絶えたので、食うに困る下級中級貴族・官人（給与支給もないので）が、ツテ・旧縁を頼って続々と地方に疎開していきます。