米国の場合、自国船籍だったらしく航行中のクルーズ船に対してCDCが直接隔離命令などの指示を出せたのに対し、日本寄港の船は英国籍だったので・英国を通さないと何もできなかった点が大違いでした。
しかもクルーズ船現場は英国政府の感染対策方針・・ジョンソン首相の当初方針は・・一定程度感染させ集団免疫を作った方が良いという主張の影響も受けていたでしょう。
https://news.yahoo.co.jp/byline/kimuramasato/20200408-00172192/

集団免疫論に惑わされた英国の悲劇　EU離脱の影響配慮が裏目か　米研究所が死者6万6000人の予測
木村正人 | 在英国際ジャーナリスト　4/8(水) 17:36
・・・イギリスが当初、感染して抗体を持つようになった人が壁になって感染を防ぐ「集団免疫」論にとらわれ、ロックダウン（都市封鎖）するのが遅れたのが原因だとIHMEは指摘しています。
・・イギリスは不要不急のサービスを閉じ、休校措置を講じたのが3月20日、その時の死者は177人。外出禁止措置をとったのは3月23日の時点で死者は335人。イギリスの人口はポルトガルの6倍以上ですが、公衆衛生的介入の遅れが犠牲を拡大させたのは明らかです。

外国籍の船は入港していても、船内秩序はその船の国籍国の主権下にあり、乗組員も下船して上陸（入国）しない限りニッポン法の適用を受けません。
上陸とは陸地に足がつくことではなく、入国手続きのために並んでいる段階ではまだ入國していません。
これは空港の場合・飛行機から降りて空港ターミナルビル内を歩いていても入国手続きに並んでパスするまでは、まだ法律上上陸したことになっていないのと同じです。
例えば海外旅行で目的地へ行く直行便がない場合、途中のシンガポール等の空港でニュージーランド等へ飛ぶ飛行機に乗り換えますが、乗り換えのためにターミナルビル内を歩いてもその国に入国手続きと出国手続きをしないでそのまま乗り継ぎ便に乗ってそのまま出国できる・・それらの手続きの必要がないことを考えても良いでしょう。
このように外国籍の船の中は、その国籍のある国の主権が及ぶまま＝船の着岸した国の支配に属さないのが原則です。
もちろん飛行機や船内の実況見分等の調査もできないので英國にやってもらうしかないのですが、こういう場合、英国も自国警察や衛生当局を呼び寄せて自分でやるのは無駄な費用なので主権にこだわらず着陸地の現地警察や保健当局に協力するのが常識的です。
今回は英国としては船内感染対策が杜撰であったことなど知られたくないし当時ジョンソン首相が社会的免疫獲得論にこだわっていた結果本国でも大失敗したことを掘り起こされたくないでしょうから、調査協力したくない立場だったのでしょうか。
香港出航後横浜寄港前に日本政府からの隔離要請があったとしても、日本政府の指導に従う義務がないし従ってはいけないので、今回のクルーズ船の船長としては本国の英政府にお伺いをたてるのが普通です。
というより英政府の頭越しに現場船長に要請するのは国際儀礼違反ですので、日本政府は英本国政府に要請するのが普通です。
基本枠組みは、政府を通した話し合いでもいいのですが日々刻々に変わる状況把握を英本国政府を通じて聞いてそれに対してこう言う対処してほしいと具体的段階に入ると毎回英政府を通して伝言ゲームやっていると時間がかかりすぎてラチがあかないのが普通です。

（我々弁護業務で、離婚であれ企業紛争であれ、弁護士を通じて行い直接交渉禁止原則ですが、だからと言って大枠を決めたのちの現場作業（例えば建物工事の不具合問題も、修復するかどうかを決めるのみでペンキの塗り方までいちいち弁護士間で決めたりしませんし、子供との面会交流も大枠を決めるのみでその場で子供とどう接するか、声かけするか等は親の常識対応に委ねるもので、こう言ったらこう答えるまでは決められません）当事者間で従来慣行に応じた業務を行う意味で２４時間弁護士が現場作業に立ち会うわけではありません。）

親密国の場合、直接やりとりしてくれていいですよ！と直接実情を聞いて良いし日本政府のやり良いように指示してくれませんか？と承諾してくれるのが普通でしょう。
昨日引用した記事に、政府関係者の恨み節が紹介されているように今回のやりとりがスムースでなかったように見えるのは、英国自身集団免疫論実行中＝隔離政策反対の本国基本政策に反する協力要請なので、簡単に日本のやり方に応じることはできない立場だったのでしょうか？
全員下船・船内作業収束後、日本検査官乗船前の船内での感染防止対策の実態がどのような状態だったかの日本政府の調査要請に応じているのか否か、表向き応じるものの非協力的かの問題です。
文春記事の引用続きです。

サンフランシスコ港ではなくオークランド港が選ばれた“裏事情”
サンフランシスコ沖まで近づいた「グランド・プリンセス号」だったが、サンフランシスコ港から寄港を拒否されてしまう。CDCはまず、症状のある人々のウイルス検査をするというのだ。
それは、船を着岸させて検査するのではなく、検査キットを沿岸警備隊がヘリで空輸し、乗船している医療チームに検査させるという大胆な手法だった。この検査では、検査を受けた46人中、19人の乗員と2人の乗客が陽性、24人が陰性で、1人は判定不能という結果となった。
しかし、このやり方では時間がかかるという理由から、他の乗客は下船後、隔離場所で検査されることになった。「グランド・プリンセス号」を非商業用の港に寄港させることになったが、すぐには寄港先が見つからず、4日間も洋上を漂流した後、3月9日、サンフランシスコ郊外のオークランド港に寄港したのである。

上記の通り、日本の船内検査がCDCのルールに合っていないと批判されていたのですが、御本家米国CDC自身が船内検査に踏み切っていたのです。