足利幕府はとりなし的利害調整ばかりしているうちに、応仁の乱〜戦国時代に拡大していくのですが、応仁の乱以降・細川や山名氏のように何カ国もの守護を兼ねる時代が終わります。
各地に土着した守護大名が地元武士団との結合を強め、細川や山名のような大規模領主から独立し守護大名となってきたからです。
ところが、その守護大名家ももっと地元密着の守護代（そのまた家老）等にその地位を奪われる下克上が進んできたのがいわゆる戦国時代です。
下克上の代表的人物・長尾為景（上杉謙信の実父）については、ウイキペデイアの一部引用します。

越後守護代であった長尾能景の子として生まれる。
・・・永正4年（1507年）春頃「為景謀反の気あり」と守護・上杉房能が為景討伐の準備をしていたため、8月にその機先を制して房能の居館を襲撃する[8]。逃亡中に房能が自刃すると、その養子・上杉定実を傀儡として守護に擁立した。この新守護擁立に反対する阿賀北地方の本庄時長・色部昌長・竹俣清綱は9月に為景に対して一斉に蜂起する・・（これらを撃退した・・稲垣注）8月に為景は銭貨80貫文を室町幕府に献上し、11月6日、幕府から上杉定実の越後守護就任が正式に認められ、為景も定実を助け補うことを命じられた[10]。

上記の通り主家を攻撃して自分の傀儡を擁立・反対派を撃退して将軍家から正式承認されるところまで行きます。
織田信長の父織田信秀の場合は、長尾家のように守護代ですらない・・さらに下層の地元豪族です。
ウイキペデイアによれば概要以下の通りです。

永正8年（1511年）、尾張国南西部海東郡・中島郡に跨る勝幡城（愛知県愛西市・稲沢市）を支配する勝幡城主で、清洲三奉行の一人の織田信定の長男として生まれる。
信定は尾張の守護代織田氏の一族で、尾張下四郡を支配する守護代「織田大和守家」（清洲織田氏）に仕える庶流として、主家の重臣の清洲三奉行の一家で弾正忠を称した家を継いでいた。
信秀は父・信定の生前である大永6年4月（1526年）から7年（1527年）6月の間に家督を譲られて当主となる
・・・経済的に伸長し勢力を増し、上洛して朝廷にも献金し、従五位下に叙位され、備後守に任官された。さらには室町幕府にも参じて、第13代将軍・足利義輝にも拝謁した。天文9年（1540年）から翌年にかけ、伊勢神宮遷宮のため、材木や銭七百貫文を献上した[9]。これで、天文10年9月、その礼として朝廷より、三河守に任じられたというが、周囲への使用例はない[9]。さらに天文12年（1543年）には、朝廷に内裏修理料として4000貫文を献上し、朝廷重視の姿勢を示す
・・・・信秀はその頂点で、主家の大和守家への臣従関係は保ちつつ、地位や権威は主家やその主君である尾張守護斯波氏をも上回り、弟の織田信康や織田信光ら一門・家臣を尾張の要所に配置し、尾張国内の他勢力を圧倒する戦国大名の地位を築いていった。
しかし信秀は終末まで守護代奉行であり、実質上は尾張を代表する戦国大名として斎藤、松平、今川ら他国大名と戦い続けたものの、形式的主君であった守護代家、守護家は維持したままで、尾張国内の大和守家や他の三奉行や犬山の織田信清など何度も敵対し争ったり、反乱されたりしているのに、最後まで徹底して粛清したり叩こうとせず、それらを抱えたまま国外の敵と戦うという限界があり、旧来の権威や秩序を重んじる古さがあったと指摘され、それらの併呑や排除は信長の代を待つことになる[7]。

守護代織田大和守家一族の庶流（家臣団に降った・奉行の一員）でしかない家柄にうまれたのが信秀の親・信定です。
これが信定〜信秀と代を重ねる都度勢力を拡大し、事実上尾張国の守護や守護代を凌ぐ地位にのし上がって次の信長の世代になります。
応仁の乱→戦国時代に突入すると、中央（幕府）の裁決能力消滅→在地預かり（事実上有名無実化しなくなっていたでしょう）が荘園領主への貢納をしなくなってもどうにもならない状態になりました。
荘園収入の分配率争いどころではなくなっていたのです。
戦時中地方のツテを頼って多くの人が東京から疎開したように、応仁の乱以降混乱が続く中で京都にいたのでは危険だし（戦のたびに逃げ惑うしかない）仕送りが途絶えたので、食うに困る下級中級貴族・官人（給与支給もないので）が、ツテ・旧縁を頼って続々と地方に疎開していきます。

元々我が国では源氏や平氏と言っても武士集団の棟梁として担がれる貴種でしかなく、自前の直轄領地・直轄軍は微々たるものでしたし、頼朝も義経も自前の軍を持っていませんし、足利政権も直属軍事力の少なさで参ってしまったのです。
直属軍事力の増強に努めた戦国大名でも自国領内を直接支配していたのではなく、国人層と言われる小豪族を通じての間接的支配でしかなかったのです。
上杉謙信の映画など見ても分るように、あるいは信長自身が尾張国内で頭角を現して行く様子でも分りますが、小豪族がその都度あちらについたりこちらについたりして（きっちりした主従関係がないのですから当たり前です）それぞれの閉鎖された国内の主導権争いが展開されて行きます。（離合集散）
戦国大名の能力は、物語を見ていると戦上手だけが（この方が面白いので）クローズアップされますが、実際にはその前提たる諸豪族の統合力・・多数派形成・人心収攬・政治力に多くがかかっていたのです。
この延長できたのが、最近まで採用されていた衆議院の中選挙区制と県単位の政治です。
県政は県知事の権力は総理と議会の関係に比較すると大きいのですが、それでも地元政治家の意見を無視しては何も進みません。
古代の国司が地元有力者の郡司達に実権を握られていくのと似ています。
小選挙区制になると政治的熟練・訓練が不要になって、熟練度よりはマスコミ受けが良いかどうかなどイメージ先行になって行きます。
一般に何々チルドレンと揶揄されるようになったのは、こうした未熟練政治家が輩出した現象を言い当てています。
戦国末になってくると一定地域内・国内統一が出来上がり、国境線にいる小豪族以外はまさか他所の國の大名についたり出来ませんから、一定の主従関係類似の安定関係になって行きます。
国境線付近以外の真ん中の小豪族が隣国大名と通じたりしたら、たちまち血祭りに上げられるだけですから、主家・・と言っても域内盟主・・覇者程度・・の関係滅亡を見越した時しか敵につくことはあり得ませんが、国境線の小豪族の場合、逆に先に攻めて来た方になびかないと全滅の憂き目にあってしまいます。
以前下克上について書いたことがありますが、本来の主従関係で家来が主君を裏切って討つなどと言うことは滅多になく、殆どは域内諸豪族間の力関係で不本意ながら主従類似の同盟軍にならざるを得なかった状態下で、敵方に寝返ると言うのが殆どです。
長篠の合戦の引き金になった長篠城は、三河衆の奥平だったかがこの論理で、一時武田方についていたのが信玄没後の落ち目を見て今度は徳川方に着いたことによって、勝頼から報復攻撃を受けたのが始まりです。
話を戻しますと、何十万石の領地を貰って赴任してもその何十万石が全部自分の収入ではなく、在地小豪族の収入の合計でしかないので、そこをうまくやって行かないと戦国大名と言えどもやって行けません。
合戦で勝って大名を滅ぼして、その地域が支配下に入っても、収入面で見ると、滅ぼした相手の直轄領地と一緒に滅んだ有力武将の領地だけが勝った方の支配地になるだけです。、その他の全地元豪族を追い出してしまうことは不可能です。
首をはねた有力武将の内部もいくつかの小豪族をつかねているだけですから、その直轄領地は僅かでしかありません。
12/27/04「農分離3（外様 ・戦国大名の場合）兼業農家の歴史1」以下のコラムで書いたことがありますが、小豪族は地元農業の主体（半農半士）でもあるので、それを根こそぎ追い出すことは不可能だったのです。
この理は、アメリカに負けた日本で、天皇権力がマッカーサーに取って代わられただけで、連合軍司令部は日本の官僚機構をそのまま使うしかなかったのと同様です。
むしろ占領地に残った元敵方の軍事力を（将棋の駒のように）自分に仕官させて有効利用して行くのが普通でした。
肥後の國の一部の領地を貰った佐々成政が、国人層との折り合いに失敗して失脚してしまった例がそうですし（加藤清正や細川家はうまくやりました）、土佐の大守として赴任した山内一豊が、長宗我部の遺臣・・結局は地方豪族・国人層の扱いに苦しんだのも同じです。
山内一豊が関ヶ原の功績で土佐２３万石を貰っても、彼ら地元豪族の集合収入ですから、山内家自体の直接収入をどう計るかの悩みで最後まできたのです。
土佐の高知城へ行けば分りますが、２３万石の大々名の天守閣と言っても内装はきゃしゃな造りで、（民家園並みです）如何に財政が苦しかったかが分るような印象です。
（天守閣にまで居住部分があるのは大したものだとも言えますが・・・）
現在の大手企業でもそうですが、内部に入ると一人が何百人何千人に直接号令するのではなく、一人が５〜６人に意思表示してこれを受けたものがそれぞれ更に５〜６人に伝えて行く・・・多層な意思伝達段階があって成り立っています。
号令一下形式ではなく重層的支配関係が我が国の民族的特徴です。
このように縣（アガタ）は、古代においても大和政権成立時に既にかなり服従度の高くなっていた地方豪族・地域を意味していた直轄支配地であるものの、中国のように中央集権的に直接支配をすることが出来ず、徳川家のように地元豪族に治めさせる必要があった地域ですから、中国の縣とは本質が違います。
支配構造の比較的強い地域を中国の制度に倣って縣・アガタと言い、支配下の豪族をアガタ主（中国の知事・・刺史と比べて「主」ですから地元定着性が強い）と解釈すれば、同時期に地域別にアガタヌシがいたり、服属したばかりで独立性の高い地域に国造がいたりした並立関係の理解が可能です。