過去は別として現行法を前提に事務職中「官名」がつく基準を私の直感で区別すれば、官名での公式行為がそのまま行政処分や司法効力が生じる権限を有するものを「官」というべき」という意見を１月１０日に書きました。
事務次官に戻りますと、事務部門で最高位に昇進しても（民意の洗礼を受けていないので）事務・裏方部門の長でしかないので各省次官は次官名で国家意思を表明する権限はありません。
次官とはその官名での副官ですらない・・補助事務部門トップという程度の意味でしょう。
副総理、副大臣、副大統領副委員長等は正官と同じ格式・選出母体が同じ場合であるからこそ、正官に故障あるときは副委員長等が職務代行できる官名です。
古代から位階によって補職できる幅が決まっていました。
このために藤原北家嫡流の初任は５位だったか正６位だったか？かなりの高位から始まる慣例でした。
源三位頼政が四位の地位に止め置かれ殿上人になれる資格である三位に昇格する希望がないことを嘆いた歌を作り、これを知って驚いた清盛が急ぎ従三位に昇格させた故事が知られています。）

のぼるべきたよりなき身は木の下に　椎（四位）をひろひて世をわたるかな

戦後憲法では社会的身分、門地による差別は許されないので、国民主権の精神から民意による洗礼があるか？が原則的区別になりました。

憲法
第十四条　すべて国民は、法の下に平等であつて、人種、信条、性別、社会的身分又は門地により、政治的、経済的又は社会的関係において、差別されない。
○２　華族その他の貴族の制度は、これを認めない。

民意洗礼を受けていない次官は、選出母体資格が大臣と違うので大臣に故障があっても対外的効力のある国家意思発令権限を持っていませんが、せっかく事務部門トップまでなったのだから、長年の功労を愛でて退職前のほんの１〜２年限定の最後を飾る名誉を与えよう・ということになったのでしょう。
・・退職直前１〜２ヶ月前に一階級特進させて、ヒラを課長、部長〜局長で退職と言えれば名誉なことですから、お手盛り的特進があると聞きますが・・その精神でしょうか？
ちなみに各省次官は概ね１〜２年で勇退するのが慣例です。
事務次官に関するウイキペデイアの記事からです。

おおむね、行政職、法律職又は経済職の国家公務員採用I種試験（旧上級甲試験）を通過して省に採用された事務官のキャリアが事務次官に就任する。任期は存在しないが、慣例的に1年から2年とされており、それまでに勇退（依願退職）して後進に譲る慣行である。

上記暗黙の自発的退職慣例を前提に短期間だけ１階級特進の暗黙の合意があったとすれば、次官の地位に長年年居座り続けた防衛省の守屋次官は暗黙のルール破りだったことになります。
事務次官の実質的権限を見ると内部文書にしか過ぎないものの、次官通達発行権限がある・・局長は局長通達する権限がありますが、司法権ではないので法の公権的解釈権はないものの、法を実際に運用する主務官庁の定める法の運用基準の最高レベルである次官通達は、実務上大きな影響力を有している・通達行政と言われることから、実力に合わせて官名を与えても矛盾しないとしたのでしょうか？
事務次官に関するウイキペデイアの解説の再引用です。

事務次官は、各府省においてキャリアと呼ばれる高級官僚の中でも最高位のポストである。その影響力は大きく、各府省の実質的な最終決定権を有するともいわれる。府省内外にわたる人的資源、調整能力を必要とするポストである。

裁判官や検察官の決定は、担当検察官や裁判官がその事件に関して公式発言や文書発行すれば直ちにその効果が出る仕組みです。
検察官は検察一体の原則によって、事件処理について上司の決裁がいりますが、これはあくまで内部問題であって決裁なしに勾留請求や公判請求しても釈放しても内部規律違反に過ぎず、検察官が起訴した・釈放指揮等　があったという公式効力が生じます。
裁判官の場合、内部的にも決裁があり得ず、（そういうルールを作れば憲法違反です）担当裁判官が担当事件については「良心と法にのみ」従って裁判することになっています。
各省の省代表としての決定は、各省大臣が決定権者であって総理が不満かどうかをどの程度忖度するかは大臣の裁量です。
総理は大臣裁量が気に入らなければいつでも大臣を罷免できることで、政府の統一性を保障している事になります。
個別政策のつど、罷免しているのでは効率が悪いし一々総理の意向を伺わないと決断できない人では間に合わないので、総理の基本方向に沿った言動権限行使できると信用できる人を大臣起用し、各省大臣は総理の意向を忖度して行動するのは憲法の期待し予定している原理です。
逆に一々総理の基本政策に反対したい人がそのまま閣内にいるのでは政府施策の一体性が維持できないので、こういう意見がある場合には大臣就任打診に対して辞退すべきでしょう。
あるいは就任後意見相違が多くなれば、行動を共にできないとして閣僚辞任すべきでしょう。
大臣も自分の意見と違う次官や局長では、各省の統一政策を実行できないので本来局次長等の幹部の補職について発言力があるべきですが、年次昇進や順繰り人事などの慣例で行われることから、大臣の下位官僚（事務職）に対する影響力が減殺される仕組みになっています。