共謀共同正犯理論が出て来た頃にも、反対論者は「近代刑法の理念→実行行為した場合に限り罰する理念」に違反すると言うのが主たる理由で大論争していたと記憶しています。
私の学生時代にはこの論争真っ盛りのころで、共謀共同正犯推進論者の先生が熱弁をふるって講義していたのを懐かしく思い出すだけで、詳しい内容は覚えていません。
先生が折角頑張っていても私のような凡学生にとっては、そんな程度の理解でしたが、先生は若者に熱意を伝えれば良いのです。
近代刑法の精神に反するかどうかは別として、親分が殺人行為を末端組員に命令して殺人行為をさせた場合、親分が実行行為に全く関与しなくとも、命令した親分の方が悪いに決まっています。
これを実際に殺人行為をした末端組員よりも重く処罰出来ないとすれば、近代刑法の精神が間違っているか、近代刑法の精神の解釈がおかしいことになるでしょう。
また個人責任主義に反すると言っても、近代法が家族一族連帯責任主義から個人責任主義に転換したのは、一族どころか中韓の歴史で知られているようにいわゆる九族に及ぶ責任追及のやり方は非合理ですし、果てしない報復合戦になるからです。
この学習から戦争に勝っても負けた相手を非難しないとする、智恵が西洋で生まれていたのですが、（明治維新でも同じです）第二次大戦に限ってアメリカはこの智恵を放棄してナチスが悪いとか日本の軍国主義が悪いと一方的な価値観を押し付けたことが戦後秩序が不安定化している原因です。
犯罪に何の関係を持っていなくても、一族や九族を処罰する前近代思想の復活ではなく、実際に犯罪行為を「共謀」した主犯格だけ処罰するためのものですから、共謀罪は近代法の個人責任主義精神に反するのではなく、逆に合理化したと評価すべきです。
日本を除く先進民主主義国では近代刑法の精神に反すると言う議論・・反対論もなく共謀罪がすんなり制定成立しているのですから、「近代刑法の精神」を我が国の学者が間違って理解して来たのかも知れません。
殺人行為等を実行した末端組員よりも命令した親分を重く処罰しないと社会秩序が保てませんから、「近代刑法の精神に反する」と言う形式的反対論は実務の世界では次第に力を失って行きました。
その結果以下に紹介する最高裁（大法廷）判例で決着ががつき、（いまでも反対している学者がいると思いますが・・）以来実務ではこれを批判する人は皆無と言ってもいい状態で、事例集積が進んでいます。
半世紀以上にわたる共謀概念の絞り込みを下地にして今度は殺人行為等実行前でも、命令したことや計画が分って証拠があれば、実際に犯罪被害が起きる前に検挙して被害発生を未然に抑止しようとするのが共謀罪新設の目的です。
サリン事件や自爆テロ等の実行あるまで、計画が分っても検挙出来ないで見ているしかないのでは間に合わないと言う現在的理由です。
今回、共謀罪新設に対する「近代刑法の精神に反する」と言う主張は、昭和３３年最高裁大法廷判決で決着し半世紀以上にわたって実務界でも受入れられて来た決着済みの論争を蒸し返しているような気がします。
ここで念のために共謀共同正犯に関する指導的最高裁（大法廷）判例を紹介しておきます。
以下はウイキペデイアからの引用です。

練馬事件（最高裁1958年（昭和33年）5月28日大法廷判決）
「共謀共同正犯が成立するためには、2人以上の者が、特定の犯罪を行うため、共同意思の下に一体となって互に他人の行為を利用し、各自の意思を実行に移すことを内容とする謀議をなし、よって犯罪を実行した事実が認められなければならない。
他人の行為をいわば自己の手段として犯罪を行ったという意味において、その間刑責の成立に差異が生じると解すべき理由はない。」

この練馬事件に発する判例理論は次のように整理できる。 まず、共同正犯の成立要件は次のとおりである。
共謀
共謀に基づく実行行為
そして、一部の者しか実行行為に出なかった場合が共謀共同正犯であり、その成否には共謀の成否が決定的に重要となる。
ここでいう共謀の内容は、①犯罪を共同して遂行する合意（これのみを「共謀」と呼ぶ用語法もある。）と②正犯意思（自己の犯罪として行う意思）に分けることが可能である。謀議行為は特に①の認定のための重要な間接事実ではあるが、必ずしもその認定が必要なわけではない。①に関しては、犯罪事実の相互認識だとか意思の連絡といった表現もなされるが、これらの関係は必ずしも明らかではない。
狭義の共犯との区別のために特に重要なのは②である（したがって、正犯と共犯の区別における判例の立場は主観説であると評されることが多い。）が、その間接事実としては、実行行為者との関係、動機、意欲、具体的加担行為ないし役割、犯跡隠蔽行為、分け前分与その他の事情が考慮されており、結論において実質的客観説との違いはないとも言われる。なお、近時は正犯意思という言葉（ないしそれに類する言葉）を使わずに説明する裁判例も登場しており、今後の動向が注目される。

スワット事件（最高裁第一小法廷2003年（平成15年）5月1日決定） – 共謀には黙示的意思連絡があれば足りると認めた。
ドラム缶不法投棄事件（最高裁第三小法廷2007年（平成19年）11月14日決定） – 未必の故意による共謀共同正犯を認めた。