住所の不安定な人・寄留者だけが（今で言う「実家・帰省先がどこそこです」と言うのと同様に）本来の籍＝「本籍」と使っている時には、本籍は普通の言葉だったのですが、戸籍地にいる筈の実家自体が移動・本来の住所自体が移動した後も方便として新たに移動した住所を・・仮の場所に過ぎないとして届ける習慣が一般化してくると、新住所地と戸籍記載場所の不一致が多くなって来ます。
この段階で住所と本籍の分離が始まったと思われます。
住所不安定な寄留者のごとく、本来一家を構えている人まで「ここは本当の籍ではない」・・ひいては本来の籍はどこそこにあると言う言い方・・観念が発達したのではないでしょうか？
憶測をたくましくすると戸籍変更届があると、「寄留にしておいてくれませんか」（・・そうすれば戸籍の作り直しがいらないので・・・）と言う役人の都合による方便が一般化して来て、安定した住所のある人全員にまで、（本来は郷里を出た寄留者だけだったのが）本籍を記載するようになった始まりのような気がします。
住所変更の場合でも、住所寄留として届ければ戸籍を作り直さないで良いとなった段階から、住所の外に別に寄留者同様にどこに本籍があるかを書く・・（寄留者だけではなく）国民全部に本籍が存在するのが原則とするようになったと思われます。
ところで戸籍簿に本籍が記載されるようになったのはいつからかまでは、文献では調べきれないので、以下は憶測によるしかないと１９日のブログで書いて以来、推測に基づいてこうなって行った筈式の文章を書いて来ましたが、２月２１日、月曜日に少し時間があったので事務所の本で調べてみました。
いろいろ見ているうちに日本加除出版昭和５４年発行、村上惺著「戸籍基本先例解説」を見ていましたら、５０ページに
「戸籍の様式中に本籍欄が設けられたのは明治３１年式戸籍からであり、それ以前は戸籍簿には住所を記載し住民登録としての性格をもたせ、人の身分に関する事項のみならず宗教、刑罰に関する事項等行政施策に供しうるものを登載していた」
とあり、同４８ページには、
「本籍の概念は壬申戸籍以来存在していたわけであるが、壬申戸籍及び明治１９年式戸籍は住民基本台帳としての機能を果たしていた。ところが社会経済の発達とともに国民の本籍と必ずしも一致しなくなったことから、明治３１年に施行された戸籍法は、国民の身分登録簿としての性格に変革して来た。その後大正３年戸籍法の施行（大正４、Ⅰ、Ⅰ）されたのを機会に寄留法（大正３・３・３１法２７号）が新たに設けられ、本籍と住所との関係が名実ともに分離された。
従って、大正３年戸籍法施行以後は戸籍の索引機能として本籍を営むに過ぎないものとなったわけである。」
と書かれています。
ま、これまで推理に付き合っていただきましたが、推理を楽しんで来た結果とこの著作の意見とはほぼ１００％一致していまることが分りました。
上記に書いてある壬申戸籍当時から本籍があったと言う点は、同時に始まった寄留簿には、帰省先・本籍を書くようになったであろうと言う推測に一致しますし、他方で戸籍簿自体に本籍を書くようになったのは、明治３１年式戸籍からであると言うことは、この頃までに戸籍移動をやめて寄留届けが流行するようになっていた結果とする推測に一致します。
ただし、この引用部分は著者の意見であって、そこに条文まで引用されていないので事実か否かまでは分りませんが、戸籍の専門家が書いているので、ま正しいと見ていいでしょう。
今でも何代か続いた田舎の家が本籍地と一致していることが多いのですが、これが今や例外扱いのように思われていますが、元は住所地で編成していた名残です。
戸籍編成が始まったときは住所地で戸籍を作ったので戸籍記載場所と住所が一致し、不一致は寄留だけだったのが、明治３１年時点では戸籍記載場所と住所とが分離するのが普通になって行ったことになります。
本来の住所変更を寄留として届ける習慣が根付いて行くと本来の寄留と住所変更による寄留の区別をして受付しないと、国民の実態把握が出来なくなるので、何時の頃からか実情をふまえて住所寄留と本来の寄留に区分した受付簿が出来て来たのでしょう。